chore: refactor agent to skill-first; structured skills dirs; enhance ReAct and tool logs

skills/filesystem_query/skill.md

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+# Skill: Filesystem Query
+
+用途：
+- 查询目录下文件
+- 检查路径是否存在
+- 快速列出文件树
+
+建议工具：
+- `shell`
+
+常见动作：
+- 查看目录内容：`ls -la <dir>`
+- 递归列出文件：`find <dir> -maxdepth 3 -type f`
+- 查询特定后缀：`find <dir> -name "*.md"`
+
+触发信号：
+- 用户提问“某目录有什么文件”
+- 用户提问“帮我查一下 data 目录内容”
+- 用户提问“列出/检索/查找 文件”